근로기준법 제43조에 의하여 임금은 직접 근로자에게 전액을 지급하여야 하므로 사용자가 근로자에 대하여 가지는 채권으로서 근로자의 임금채권과 상계를 하지 못하는 것이 원칙이나, 계산의 착오 등으로 임금이 초과 지급되었을 때 그 행사의 시기가 초과 지급된 시기와 임금의 정산, 조정의 실질을 잃지 않을 만큼 합리적으로 밀접되어 있고 금액과 방법이 미리 예고되는 등 근로자의 경제생활의 안정을 해할 염려가 없는 경우나, 근로자가 퇴직한 후에 그 재직 중 지급되지 아니한 임금이나 퇴직금을 청구하는 경우에는 초과 지급된 임금의 반환청구권을 자동채권으로 하여 상계하는 것은 무방합니다.

국민건강보험법 제77조제3항에서 사용자가 보수월액보험료 중 직장가입자가 부담하여야 하는 그 달의 보험료액을 그 보수에서 공제하여 납부하도록 하고, 국민연금법 제90조제1항에서는 사업장가입자가 부담할 기여금을 그에게 지급할 매달의 임금에서 공제하여 사용자가 납부하도록 정하고 있습니다.

건강보험료, 국민연금 기여금의 납부 편의를 위해 근로자의 보수, 임금에서 공제하여 사용자가 원천징수하여 납부하도록 법률로 정하고 있는 것이므로 원칙적으로 해당 근로자의 보수, 임금에서 공제해야 할 것입니다. 또한 소득세법 제127조에 따라 소득세를 원천징수의무를 지는 경우에는 임금, 보수 등 근로소득을 비롯해 각 해당소득에서 공제하여야 할 것입니다.

고용노동부 행정해석은 사용자가 원천징수하여야 할 금액을 공제하지 않아 근로자에게 초과된 임금을 지급하고 근로자의 퇴직으로 인해 근로자의 기여금, 소득세를 원천징수하지 못한 경우, 사용자는 단순히 법령에 따른 원천징수의무를 이행하기 위해서 사회보험료, 근로소득세에 해당하는 금액을 퇴직급여에서 공제할 수 있을 것으로 보고 있습니다.

따라서 근로자가 일정 기간 동안의 미지급 법정수당을 청구하는 경우에 사용자가 같은 기간 동안 법정수당의 초과 지급 부분이 있음을 이유로 상계나 그 충당을 주장하는 것도 허용된다고 할 것입니다.