1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다.

세법에서 모든 경우를 규정하기는 어려우므로 2주택을 동시에 양도한 경우 처분청 입장에서 통칙에 정한 순서에 따라 비과세 적용하는 것이 불가피한 점은 있으나, 세법에 명확한 규정이 없음에도 불구하고 납세자의 의사에 반하여 불이익하게 적용하는 것은 조세법률주의의 원칙상 타당하지 않으므로 납세자에게 유리한 주택을 비과세하여야 한다고 판단한 것이다.

3주택 이상을 소유한 1세대가 같은 날에 1주택은 증여하고 1주택은 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 판단하는 것이다.

2주택을 소유한 1세대가 같은 날 1주택을 증여하고, 1주택은 부담부증여 한 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 판단하는 것이다.

2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 보아 일시적 2주택 및 수용의 비과세 특례를 적용한다.

1세대 1주택을 양도하였으나 동 주택을 매수한 자가 소유권이전등기를 하지 아니하여 부득이 공부상 1세대 2주택이 된 경우에는 매매계약서 및 잔금 금융자료 등에 의하여 1세대 1주택임이 사실상 확인되는 때에는 비과세로 한다.

양도계약 후 주택을 철거하여 나대지로 인도한 경우 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 ‘매매특약’에 의하여 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다.